L'aventure fait place à l'action avec l'apparition de Mewtwo, un Pokémon de laboratoire créé avec l'ADN de Mew, l'un des Pokémon les plus rares qui soient. Après s'être échappé du laboratoire, Mewtwo est déterminé à prouver sa supériorité : il invite les meilleurs Dresseurs à un combat de Pokémon sans pareil, et bien sûr, Sacha et ses amis sont ravis de relever le défi. L'enthousiasme de Sacha se transforme en colère lorsque Mewtwo décide de cloner les Pokémon des enfants et rétablir l'équilibre entre les Pokémon et leurs Dresseurs. Malgré Sacha, Mewtwo refuse de croire que Pokémon et humains peuvent être amis. Mais face à un jeune Dresseur et à la loyauté de son Pokémon, Mewtwo devra changer de plan et se mesurer à la puissance du mystérieux Mew !...

Chanteuse pop très populaire, Mima décide d’abandonner la scène pour devenir actrice. Sans regrets, elle quitte son groupe et accepte un petit rôle dans une série TV, déclenchant ainsi la colère de ses fans… et plus particulièrement celle de l’un deux. Le mystérieux « traqueur » passe à l’acte en dévoilant en détail la vie de Mima sur Internet, puis en menaçant ses proches. Des incidents violents se produisent et elle réalise que son existence se confond dangereusement avec la série dans laquelle elle joue. Mima sombre dans la schizophrénie tandis que les cadavres s’accumulent autour d’elle…...

1999, l'Année de la Destinée. L'avenir du monde réside dans les mains d'un seul homme, Kamui Shirô, qui doit détruire l'un des deux dragons de la terre et du ciel. Il doit décider seul si l'humanité doit disparaître et laisser place à un univers purifié ou protéger les civilisations existantes......

Durant les vacances d'été, Yusuke et Kuwabara continuent de pratiquer leur activité préférée : se battre. Mais leurs vacances tournent court lorsque Botan arrive et leur annonce que Koenma a été kidnappé. Les ravisseurs exigent en échange le Sceau d'or, un Sceau dont la puissance est telle, que même le grand Enma ne peut pas s'y opposer. Yusuke, Kuwabara, et tous les autres partent donc libérer Koenma avant qu'il ne soit jeté dans la lave....

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Dans cette nouvelle aventure, Sacha rencontre le Pokémon fabuleux Volcanion, tombé du ciel dans un nuage de poussière. Une force mystérieuse les unit alors ! Volcanion méprise les humains et tente de s'enfuir, mais il se voit obligé d'entraîner Sacha avec lui dans sa mission de sauvetage. Ils arrivent dans une ville de rouages et de mécanismes où un ministre corrompu a volé l'invention suprême : Magearna, un Pokémon Artificiel créé 500 ans plus tôt. Il a l'intention d'utiliser son pouvoir mystérieux pour prendre le contrôle de ce royaume mécanique ! Sacha et Volcanion pourront-il combattre ensemble pour sauver Magearna ? Un des plus grands combats de l'histoire Pokémon est sur le point de se dérouler !...

Shûhei Amamiya est un jeune garçon destiné à un brillant avenir de pianiste professionnel. Au début de l'été, sa famille emménage dans une ville de province. Ses nouveaux camarades de classe lui racontent alors une bien étrange histoire : un piano magique serait caché au fond d'une forêt ; il semble cassé depuis des années, mais plusieurs personnes affirment avoir entendu une mélodie envoûtante s'élever des profondeurs de la forêt.Seul Kai, un jeune garçon intrépide, affirme que la musique du piano est réelle et pour le prouver, il demande à Shûhei de le suivre dans la forêt. Malgré l'entêtement de Shûhei, le piano n'émet aucun son. En revanche, la magie opère lorsque Kai se met à jouer. Shûhei comprend alors que son ami est un génie capable d'interpréter une musique quasi divine sans avoir jamais pris une seule leçon de piano.Alors que tout les oppose, les deux garçons deviennent vite inséparables, jusqu'au jour où ils deviennent rivaux lors d'un concours national de piano....

Lors d'un voyage en train, Sacha et Pikachu, accompagnés de leurs amis Iris et Rachid, aperçoivent un Pokémon blessé. Alors que Sacha tente de lui porter secours, le train est attaqué par un Pokémon légendaire de type dragon, le redoutable Kyurem. Sacha et ses compagnons parviennent à lui échapper. Une fois en sécurité, ils découvrent l'histoire du Pokémon blessé. Celui-ci n'est autre que le Pokémon fabuleux Keldeo, qui doit sauver ses amis Cobaltium, Terrakium et Viridium, trois Pokémon légendaires connus comme les Lames de la Justice, prisonniers de Kyurem. Mais Kyurem, qui peut se transformer en Kyurem Noir ou en Kyurem Blanc, n'a pas renoncé à avoir le dernier mot. Keldeo trouvera-t-il le courage d'affronter tous ces dangers ?......

Dans une lointaine galaxie vit la Princesse Minerva. Jeune fille dynamique et turbulente, elle préfère jouer les justicières masquée plutôt que de rester tranquillement au palais. Dans le but de constituer sa nouvelle garde personnelle, Minerva organise un jour un grand tournoi auquel elle compte bien participer secrètement, afin de juger la vraie valeur des guerriers. Mais un terrible complot se prépare......

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Cet épisode se déroule avant que Mewtwo ne rencontre Sacha et ses amis dans Genesect et l'éveil de la légende. L'incroyable vitesse et la capacité de combat de Méga-Mewtwo Y sont pour la première fois révélées, mais pas son nom réel. Possédant une incroyable puissance, il souhaite ne pas croiser les chemins des humains et des Pokémon....

Dans une ville déserte au bord de mer, Sacha, Pikachu et leurs amis rencontrent Hoopa, le Pokémon fabuleux qui a le talent de faire apparaître des personnes et des Pokémon grâce à ses anneaux magiques. Suite à un incident effrayant, une histoire ancienne leur apprend que les méfaits d'un Pokémon terrifiant ont été arrêtés il y a bien longtemps par un héros courageux. La menace, enfouie pendant de nombreuses années, est désormais prête à se déchaîner à nouveau ! Sacha peut-il aider son nouvel ami à surmonter son côté obscur... ou un secret dangereux va-t-il se transformer en un choc de légendes ?...

Dans un futur proche, l’humanité a réussi à dompter la technologie et bénéficie de tout le confort moderne. Mais un dernier enjeu pèse sur la société : le vieillissement de la population. Pour résoudre ce fléau grandissant, la médecine est remplacée par la robotique avec la création d’une machine nommée le « Z-001 », capable de prodiguer tous les soins nécessaires aux personnes âgées. Kijûrô Takazawa est le premier cobaye contraint à tester ce robot, bien que ce dernier aurait souhaité rester avec son ancienne infirmière, la jeune Haruko. L’expérimentation tourne mal et le Z-001 se transforme en arme de destruction massive....

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Le film se déroule une année après la fin de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Yugi et Kaiba acceptent de coopérer en pariant leurs fiertés dans un duel....

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Le jour de son dixième anniversaire, Sacha Ketchum oublie de se réveiller et se retrouve avec un Pikachu têtu au lieu du Pokémon de son choix. Après un début difficile, Sacha et Pikachu deviennent bons amis et de vrais partenaires, et lorsqu’ils aperçoivent le Pokémon légendaire Ho-Oh en plein vol, ils décident de partir à sa recherche, guidés par l’Arc-en-Ci’Aile qu’il leur a laissé....

Chaque année, à Fuura City, se tient un festival du vent. D'anciennes légendes disent que, le dernier jour de ce festival, le pokémon légendaire Lugia ferait son apparition. De nombreuses personnes participent au festival cette année : Lisa, une lycéenne qui débute en pokémon, Kagachi, un homme vantard qui ne peut s'empêcher de mentir, Torito un chercheur qui manque de confiance en lui, Hisui une vieille femme excentrique qui déteste les Pokémon et Largo, une fille mystérieuse qui se promène seule en forêt....

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Dans ce film special "10 ans de Pokemon", le docteur Yung a mis au point un systeme qui lui permet de recreer n'importe quel Pokemon ayant existe grace a une technologie generant des "Pokemon Mirages". Sacha et ses amis sont invites a decouvrir l'invention dans un chateau ... mais ce qu'ils vont decouvrir est bien pire qu'ils ne l'imaginaient....

Lupin assiste à une vente aux enchères à New York déguisé, où il enchérit sur une bague ancienne. L'anneau contient l'emplacement secret d'une broche légendaire, dont on dit qu'elle apporte la bonne fortune à quiconque la porte. Lorsqu'un enchérisseur le surenchérit d'un dollar, il décide de suivre la voie la plus traditionnelle et de voler la bague, mais c'est une femme nommée Cynthia qui la lui dérobe. Cynthia est à la tête de l'une des plus grandes nouvelles banques, la "Banque du monde", et a des projets bien à elle après avoir obtenu la broche......

Après qu'une expérience scientifique ait conduit à la création d'un clone de Mewtwo, il entreprend de détruire le monde. Ash et ses amis décident alors de déjouer les plans diaboliques de Mewtwo......

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Sacha, Pikachu et leurs amis Pokémon tentent de mettre fin aux agissements de deux bandits qui se cachent à Alto Mare, une ville constituée d'eau. Se joignent à l'aventure deux nouveaux Pokémon, un frère et une sœur se nommant Latios et Latias....

En sauvant Celebi, le Pokémon légendaire qui peut voyager dans le temps, des griffes d'un braconnier, le jeune Sammy est projeté dans le futur, à l'époque de Sacha et co. Avec l'aide de ses derniers, il part à la recherche du Pokémon fée pour pouvoir rentrer chez lui, mais c'est sans compter sur la présence d'un célèbre braconnier de la Team Rocket qui est lui aussi sur les traces du Pokémon temporel....

Au cours de leur voyage, Sacha et ses amis rencontrent un couple de magiciens qui leur confie une pierre mystérieuse. Celle-ci va se transformer en Jirachi, Pokémon miraculeux ayant le pouvoir d'exaucer tous les voeux ! Le couple de magiciens va alors tenter par tous les moyens de le récupérer......

Mewtwo vit avec les pokémons clones dans lieu magique et préservé des humains de la région de Johto. Mais Giovanni est sur le point de le retrouver....

Une météorite s'écrase sur la Terre, libérant Deoxys, visiteur de l'espace. Rayquaza, gardien de la Terre, descend exceptionnellement sur notre planète pour tenter désespérément de détruire Deoxys... Sacha et ses amis vont se retrouver malgré eux au beau milieu de cette bataille de titans !...

La légende dit qu'autrefois, Aaron, l'Aura Gardien, aidé de son Pokémon Lucario, réussit à arrêter une terrible guerre. Au Palais Cameran, les habitants organisent chaque année un tournoi Pokémon pour le célébrer. Sacha y participe et gagne, obtenant ainsi le titre d'Aura Gardien. Mais le Pokémon légendaire Mew apparait alors et kidnappe Pikachu ! Lucario fait irruption et emmène Sacha et ses amis dans un périple à destination du mystérieux Arbre des Origines qui est protégé par les Golems Regirock, Regice et Registeel....

Autrefois, le Peuple des Mers construit un temple et y cacha un trésor : la Couronne des Mers. De nos jours, Sacha et Pikachu rencontrent Lizabeth, descendante du Peuple des Mers et Jackie, Pokémon Ranger chargé de protéger un oeuf de Manaphy et de trouver le Temple. Soudain, les voilà attaqués par Fantôme le pirate qui projette de conquérir le monde et voler la Couronne des Mers, mais pour cela il a besoin de cet oeuf....

Dans le Royaume des Diamants souterrain, où de nombreux Strassie vivent, le Pokémon fabuleux Diancie en est le chef. Le Cœur de Diamant qui assure la pérennité du royaume s'éteint peu à peu et Diancie n'est pas encore suffisamment forte pour en créer un nouveau. Alors qu'elle recherche l'aide du Pokémon légendaire Xerneas, Diancie rencontre un groupe de voleurs voulant s'approprier sa capacité à créer des diamants et qui, par la même occasion, réveillent le Pokémon légendaire Yveltal et le tirent de son cocon ! Sacha et ses amis vont-ils parvenir à aider Diancie à découvrir son vrai pouvoir, arrêter la rage destructive d'Yveltal et sauver le Royaume des Diamants ?...

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