Anwar El-Ibraim, scientifique canadien d'ascendance égyptienne, est pressé de retrouver sa famille après un voyage d'affaires. A des milliers de kilomètres de là, au Caire, un attentat terroriste a fait plus d'une trentaine de morts, dont un Américain. L'attentat a été revendiqué par Rashid Silime, terroriste bien connu à la tête de la brigade El-Hazim, une cellule dissidente du Hezbollah. Il se trouve qu'Anwar est biochimiste, qu'il a une certaine expérience en fabrication de bombes et qu'il a des liens familiaux avec l'Egypte...Anwar monte dans un avion en Afrique du Sud en tant qu'homme d'affaires, il en descend à New York comme terroriste. Arrêté, menotté et emmené, il se retrouve nu, seul dans une étroite cellule. Ses ennuis ne font que commencer... Il fait l'objet du programme "extraordinary rendition"......

Il n'a encore jamais parlé de ça, comme ça, avec personne. Elle n'a encore jamais trouvé personne à qui parler. Elle ne pense qu'à ce garçon-là, il faut parler de ça pour se faire aimer. Elle a 16 ans et lui 19....

Jeux Olympiques de Munich, 5 septembre 1972. Un commando de terroristes palestiniens prend en otages puis exécute 11 membres de l'équipe sportive israélienne, sous l'œil des téléspectateurs du monde entier. Inspiré de faits réels, Munich retrace le parcours de 5 agents israéliens chargés de traquer les 11 palestiniens considérés comme les commanditaires de l'attentat. Pour mener à bien cette mission, les 5 hommes devront renoncer du jour au lendemain à leur identité, et s’exposer à tout moment à la vengeance de leurs cibles....