La guerre contre le terrorisme a littéralement explosé, le jour où Sarajevo a été détruite par un dispositif nucléaire fait maison, les démocraties les plus importantes se sont transformées en états de surveillance totale et le monde en développement s'est noyé sous une vague de génocides. l'effondrement du système mondial, et il appartient à l'agent de renseignement Clavis Shepherd de suivre John Paul à travers l'épave des civilisations et de trouver le véritable cœur des ténèbres - un organe génocidaire....

Sur la planète Latimar, Takeshi Kovacs doit protéger une précieuse tatoueuse tout en enquêtant sur la mort d'un chef yakuza au côté d'une C-TAC qui ne plaisante pas....

En l'an 2026, deux ans après avoir été libérés de S.A.O, Kazuto et ses amis survivants profitent enfin de jours paisibles. Récemment, la réalité augmentée est devenue possible grâce à l'Augma, et avec cette mode vient son lot de modifications du quotidien. Un nouveau jeu émerge "Ordinal Scale" qui devient rapidement si populaire que la réalité virtuelle s'en trouve délaissée. Kazuto, de nature peu athlétique, ne semble pas motivé par la réalité augmentée, mais c'est alors que d'anciens boss de S.A.O font leur apparition... Et d'autres fantômes du passé menacent de ressurgir......