Sur la planète Latimar, Takeshi Kovacs doit protéger une précieuse tatoueuse tout en enquêtant sur la mort d'un chef yakuza au côté d'une C-TAC qui ne plaisante pas....

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En l'an 2026, deux ans après avoir été libérés de S.A.O, Kazuto et ses amis survivants profitent enfin de jours paisibles. Récemment, la réalité augmentée est devenue possible grâce à l'Augma, et avec cette mode vient son lot de modifications du quotidien. Un nouveau jeu émerge "Ordinal Scale" qui devient rapidement si populaire que la réalité virtuelle s'en trouve délaissée. Kazuto, de nature peu athlétique, ne semble pas motivé par la réalité augmentée, mais c'est alors que d'anciens boss de S.A.O font leur apparition... Et d'autres fantômes du passé menacent de ressurgir......

An 228 du calendrier révolutionnaire : Le mystérieux conseiller militaire Julius Kingsley, épaulé par Suzaku Kururugi, un Knight of Rounds, prend le commandement de toutes les forces armées de Britania avec l'accord de Sa Majesté l'empereur. Sa prise de fonction et de pouvoir sème le trouble au sein de la population europienne. Shin Hyûga Shaing assiste calmement aux opérations de Lord Kingsley et en profite pour placer ses pions en vue de réaliser ses ambitions personnelles....

La guerre entre Britania et la République Unie d’Europia arrive à un point décisif. Tandis que le groupe terroriste de la Flotte de l’Arche sème le chaos en Europia, l’unité « W-Zero », dirigé par Akito Hyûga, contre-attaque et s’en prend au quartier général de la Flotte de l’Arche : un dirigeable géant nommé Gallia Grande. Alors que la bataille fait rage, Leila perd tout contact avec Akito. Au même moment, le Saint-Empire de Britania profite de l’absence d’Akito et de ses soldats, pour attaquer le château Weiswolf, un des points stratégiques d’Europia. Leila assiste, impuissante, à l’invasion de Shin et des Chevaliers de Saint-Michel. Va-t-il réussir à prendre possession du Château ?...