Un raz de marée inonde une partie de la côte de Tokyo. Après avoir pensé qu’il s’agissait d’une catastrophe naturelle, les scientifiques se rendent compte que le responsable de ce désastre n’est autre que Godzilla, une créature géante prête à tout détruire sur son passage....

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Nous sommes en 1996 et Soichiro Takakura est un scientifique qui résout les problèmes liés au développement des robots. Il fait des progrès. Il passe du temps avec sa petite amie et son animal de compagnie et profite d'un jour de congé, mais le calme vole en éclats assez rapidement lorsqu'il est trahi par ladite petite amie et son partenaire commercial. Il profite de la cryogénie....

La guerre est finie, mais le combat est loin d'être terminé pour Shikishima, pilote rongé par la culpabilité. Peut-il se pardonner et aider à sauver le Japon de la furie de Godzilla ?...