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À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos......

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Une infirmière nommée Yuko vit une expérience curieuse alors qu'elle soigne une jeune femme nommée Fukie. Les tests montrent que le corps de Fukie contient un embryon enkysté. Bientôt, le père de Fukie devient fou et commet un meurtre. La sœur de Fukie, Mariko, est dotée d'un pouvoir et, avec l'aide de leur mère, réussit à écarter l'esprit malin. Mais le pire est encore à venir…...

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Le Dr Hattori et son mari regardent des images d'expériences de chirurgie cérébrale avec des cobayes mandchous, russes et japonais trouvés dans le sous-sol d'un hôpital détruit. À l'improviste, il y a une lumière blanche et quand ils regardent en arrière, ils voient leurs enfants Ota Miyuki et Kaori regarder la lumière. Des années plus tard, Miyuki disparaît de l'hôpital universitaire médical de Tama et sa sœur Kaori, le petit ami de Miyuki, Motojima, et le détective Hirasawa la recherchent. Cependant, Miyuki et les adolescents Kazochi, Takumi, Hattori et Rieko ont été soumis à une expérience cauchemardesque par le Dr Hattori et son équipe avec des résultats tragiques....

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