Suite à une succession d’étranges phénomènes naturels, Budori le chat doit quitter sa forêt pour retrouver Neri, sa petite sœur mystérieusement disparue....

Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du 'Puppet Master', un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles......

...

...

...

...

Dans une uchronie où l'Allemagne a vaincu le Japon durant la Seconde Guerre mondiale, Inui, un ancien membre des Kerberos condamné à trois ans de prison après le putsch raté de son unité, part à la recherche de son supérieur, Koichi, qu'il avait vu abandonner le champ de bataille juste avant la défaite. Se retrouvant à Taïwan, il arpente l'île avec l'aide de l'ancienne fiancée de Koichi et l'assistance d'un mystérieux homme en blanc. Mais sa quête le pousse à s'interroger sur sa propre nature....