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La légende dit qu'autrefois, Aaron, l'Aura Gardien, aidé de son Pokémon Lucario, réussit à arrêter une terrible guerre. Au Palais Cameran, les habitants organisent chaque année un tournoi Pokémon pour le célébrer. Sacha y participe et gagne, obtenant ainsi le titre d'Aura Gardien. Mais le Pokémon légendaire Mew apparait alors et kidnappe Pikachu ! Lucario fait irruption et emmène Sacha et ses amis dans un périple à destination du mystérieux Arbre des Origines qui est protégé par les Golems Regirock, Regice et Registeel....

Autrefois, le Peuple des Mers construit un temple et y cacha un trésor : la Couronne des Mers. De nos jours, Sacha et Pikachu rencontrent Lizabeth, descendante du Peuple des Mers et Jackie, Pokémon Ranger chargé de protéger un oeuf de Manaphy et de trouver le Temple. Soudain, les voilà attaqués par Fantôme le pirate qui projette de conquérir le monde et voler la Couronne des Mers, mais pour cela il a besoin de cet oeuf....

Sacha et Pikachu s'apprêtent à vivre le plus grand combat Pokémon de tous les temps. Palkia et Dialga s'affrontent, créant de terribles dégâts et le mystérieux Darkrai rode....

Sous le ciel ensoleillé, Pikachu et le PokéGroupe courent sur un terrain herbeux. Pachirisu monte sur un ballon de plage en bas de la colline, puis Piplup monte ensuite sur le ballon de plage. Aipom fait tomber Piplup du ballon et Piplup poursuit Aipom...

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Seki Oriko, dite OKKO, est une petite fille formidable et pleine de vie. Sa grand-mère qui tient l’auberge familiale la destine à prendre le relais. Entre l’école et son travail à l’auberge aux côtés de sa mamie, la jeune Okko apprend à grandir, aidée par d’étranges rencontres de fantômes et autres créatures mystérieuses !...

Le peuple d'Iolph possède le secret de la longévité tout en conservant une éternelle apparence juvénile, mais ce précieux sang attise la convoitise. Leur quiétude se voit rompue par une invasion d'ennemis, semant chaos et destruction sur leur passage. La jeune Maquia parvient à s'enfuir mais, anéantie par la mort des siens, elle erre seule dans ce monde hostile qui lui est inconnu. Lorsqu'elle découvre un bébé orphelin abandonné dans la forêt, elle décide de le garder. Tous deux vont pouvoir se reconstruire, et ainsi débute un voyage émotionnel entre un mortel et un être qui ne vieillit plus......

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