La Guerre des Clones fait rage. Une franche hostilité oppose désormais le Chancelier Palpatine au Conseil Jedi. Anakin Skywalker, jeune Chevalier Jedi pris entre deux feux, hésite sur la conduite à tenir. Séduit par la promesse d'un pouvoir sans précédent, tenté par le côté obscur de la Force, il prête allégeance au maléfique Darth Sidious et devient Dark Vador. Les Seigneurs Sith s'unissent alors pour préparer leur revanche, qui commence par l'extermination des Jedi. Seuls rescapés du massacre, Yoda et Obi-Wan se lancent à la poursuite des Sith. La traque se conclut par un spectaculaire combat au sabre entre Anakin et Obi-Wan, qui décidera du sort de la galaxie…...

Depuis le blocus de la planète Naboo par la Fédération du commerce, la République, gouvernée par le Chancelier Palpatine, connaît une véritable crise. Un groupe de dissidents, mené par le sombre Jedi comte Dooku, manifeste son mécontentement envers le fonctionnement du régime. Le Sénat et la population intergalactique se montrent pour leur part inquiets face à l'émergence d'une telle menace.Certains sénateurs demandent à ce que la République soit dotée d'une solide armée pour empêcher que la situation ne se détériore davantage. Parallèlement, Padmé Amidala, devenue sénatrice, est menacée par les séparatistes et échappe de justesse à un attentat. Le Padawan Anakin Skywalker est chargé de sa protection. Son maître, Obi-Wan Kenobi, part enquêter sur cette tentative de meurtre et découvre la constitution d'une mystérieuse armée de clones......

La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice…...