Après la Seconde Guerre Mondiale, le Japon se retrouve divisé et occupé par deux forces rivales. Alors que l'Hokkaido est annexé par l'Union, les autres îles sont gouvernées par des forces américaines. Trois amis de la zone américaine, fascinés par une énigmatique tour érigée par l'Union, se sont fait la promesse de construire un avion et de lever le voile sur le mystère entourant la tour. Ce projet échoue lorsque l'un d'eux disparaît......

Yusei Fudo, plongé en pleine mélancolie, décide de faire un tour en moto avec ses amis. Soudain, un mystérieux duelliste masqué nommé Paradox, apparaît et lui vole sa carte fétiche Dragon Poussière d'Étoile puis s'enfuit dans une brèche du temps. Au même moment, le monde est sur le point de s'écrouler. Pour empêcher cela, Yusei doit voyager à travers les époques et retrouver les héros du passé et du présent soit : Yugi Muto et Jaden Yuki. Tous doivent s'unir afin d'empêcher la mort de Pegasus, le créateur du duel de monstres, et que le monde des duels sombre dans le chaos…...