Des Futurians débarquent sur Terre. Ils prétendent venir du futur où Godzilla a rasé le Japon, et proposent au gouvernement d'éliminer le monstre avec leur aide. Les Futurians, accompagnés de quelques représentants japonais, décident de se rendre en 1944 sur une île du Pacifique où est censé vivre le monstre qui donnera naissance, après irradiation, à Godzilla. Mais une fois sur place, les Futurians abandonnent trois Dorats, des petits monstres de leur époque qu'ils contrôlent mentalement. De retour dans le présent, tout le monde se rend compte que les Dorats ont à leur tour été irradiés et sont devenus King Ghidorah, un terrible monstre que les Futurians contrôlent pour ravager le Japon. Godzilla, que tout le monde croyait éliminé, se réveille alors....

Quand Biollante meurt, son corps dérive dans l'espace et tombe sur une planête où un lézard mange ses restes. Mais ce lézard trouvera sur Biollante le sang que Godzilla a perdu lors de leur combat. Le lézard boit le sang et subit des radiations qui le transforme en un nouveau Godzilla. "Space Godzilla" se dirige vers la terre, et détruit Tokyo. Alors que Godzilla comptait détruire Tokyo, il trouve Space Godzilla. Un combat de titan s'engage entre les deux monstres, que Godzilla remportera. On suppose que Space Godzilla est mort....

Malgré leur multiples alliances, l'armée du Japon et Godzilla sont toujours ennemis. L'armée décide donc de construire un nouveau Mechagodzilla. Malheureusement, celui-ci subit des pannes toutes les 10 minutes. L'armée est donc obligée de reprendre le modèle original, qui se révolte et qui part attaquer Godzilla....

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